La prima pietra della nuova Chiesa, l’attuale parrocchiale, fu benedetta il 1° agosto 1588 da Mons. Giulio Masetti, Vescovo di Reggio emilia.

La Chiesa di S.Francesco da Paola fu fatta costruire fuori le mura del Castello dei Gonzaga da Alfonso Gonzaga che prediligeva Bagnolo “per la sua aria salubre”.
Egli dimorò a Bagnolo soprattutto dopo esser guarito da una malattia (1580) durante la quale aveva fatto promessa di costruire a Novellara una Chiesa ed un Convento ai Cappuccini in omaggio a P.Gerolamo da Montefiore, che era venuto a benedirlo durante la malattia. Una volta guarito egli affidò i lavori alla moglie e se ne venne a Bagnolo dove cercò di rendere più comoda la Rocca.
Vedendo ancora lontana la costruzione della Chiesa di Novellara, Alfonso pensò di donarne una a Bagnolo, dedicata a S.Francesco da Paola: preparato tutto l’occorrente, il 24 giugno 1958 il progetto fu consegnato all’architetto Andrea Mattarini; i lavori furono iniziati il 1° di agosto e furono interrotti soltanto il 23 ottobre per il periodo invernale.
Il Conte nel frattempo si ammalò e per timore di non vedere realizzata l’opera, dispose nel suo testamento quanto segue :
“..voglio et comando che questo mio corpo fatto di terra sia restituito alla terra et coperto di terra nella Chiesa di S.Francesco da me principiata di fabbricare sopra la piazza di Bagnolo e nella cappella da farsi in detta chiesa…”. La tomba è tuttora esistente nel sottosuolo della chiesa parrocchiale.
Il 4 ottobre dell’anno dopo morì. Nel suo testamento si trovano le disposizioni secondo cui gli eredi erano obbligati a terminare la chiesa ed il convento secondo il progetto e fornire tutto l’occorrente per il culto e l’abitazione dei monaci.
La chiesa fu terminata in breve tempo, ma il convento dopo 57 anni, non era ancora ultimato; a completare l’opera, con sacrifici e pochi mezzi, furono i frati.
Per quasi 200 anni i Padri rimasero nel convento ma in seguito a sconvolgimenti politici avversari furono costretti, nel 1768, ad abbandonare il convento per ritirarsi in quello di Modena.
La chiesa di S.Francesco non era ancora parrocchiale, poiché il Consigli degli Anziani del Comune, nel 1770 stabilì di fare un’altra Chiesa essendo quella di S.Maria Porziola insufficiente e scomoda.
Il Segretario ducale Felice Antonio Bianchi del ducato di Modena propose quindi all’allora podestà di Novellara che la chiesa ed il convento annesso, ormai vuoti, fossero lasciati alla Comunità di Bagnolo, in cambio di un censo di 300 scudi.
Il Parroco di S.Maria Porziola fu autorizzato subito ad entrare in possesso unicamente della chiesa, e solo circa 60 anni dopo anche del convento con l’obbligo di ospitare nello stesso il Cappellano, il Maestro di Scuola e due Chierici. Da quella data, la Chiesa divenne la parrocchiale come è tuttora.
Nel 1788 la Parrocchia fu promossa a rettorato poi tramutato in priorato, e con rogito del Notaio Francesco Boschi furono fissati i confini giurisdizionali della parrocchia che rispecchiano gli attuali.